En la reserva podremos encontrar atractivos como:

• Complejo del Río Lagarto: Está formado por el río Imuya, la Laguna de Imuya, el Río Lagarto y las lagunas Redondococha, Delfincocha y Lagartococha, más otras numerosas lagunas menores. Esta zona forma parte de un enorme conjunto de lagunas y ríos más grande (10.000 hectáreas aprox.) que es compartido con el Perú.

• Alto y Bajo Cuyabeno: Está formado por el sistema de Lagartococha que contiene 30 lagunas de aguas negras, de las cuales la Laguna Grande, Caimancocha, Patococha y la Quebrada de la Hormiga son las de mayor flujo turístico. El agua de las lagunas es de coloración obscura, por la descomposición de material orgánico vegetal. Existen aquí tres senderos que se internan en el bosque tropical: la hormiga, Saladero de dantas y Palma roja.

• Laguna Zancudococha: Es la más grande laguna de aguas negras en la Amazonía ecuatoriana; que para los Sionas y Secoyas quiere decir “laguna del pequeño pez son¥co, nombre que sonó para el oído mestizo como “zancudo”. Abarca desde la desembocadura de la quebrada Zancudo en el río Aguarico hasta el cuerpo de agua de la laguna propiamente dicha. 

• Grupos Étnicos: En su interior viven 7 comunidades indígenas pertenecientes a cinco nacionalidades: Sionas, Secoyas, Cofanes, Quichuas y Shuaras.

Las comunidades que se encuentran a orillas del río Cuyabeno son: Puerto Bolívar, Tarapuy (Sionas); Pucapeña (Secoya), Playas de Cuyabeno y Zancudo (Quichuas) y las que se asientan a orillas del río Aguarico son: Zábalo (Cofán), Taikiua y Charapa (Shuaras).